故事发生在一个突如其来的神秘现象中，全球所有人类在一瞬间被石化，经过3700年后，文明几乎消失。主角石神千空是一个拥有超人般头脑的科学少年，他在石化后苏醒，决心利用自己的科学知识重建人类文明。与他一起醒来的还有他的好友大木大树，他们共同努力，利用科学手段复活其他人类，并逐步重建社会。

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